Die Wilniusser Universität hatte eine fundamentale Bibliothek, in dere Beständen wertvolle Bücher, Lehrbücher, Manuskripte und Dokumente, betreffend die Geschichte des alten Doppelstaates Polen-Litauen aufbewahrt wurden. Im Jahre 1832 wurde die Universität und ihre Bibliothek geschlossen. 20 226 Bücher wurden der auf der materiellen Basis der Universität Wilnius neugegründeten Medizinisch-chirurgischen Akademie übergeben. Zur Ergänzung des Bücherfonds der Akademie wurden jährlich 6000 Rubel in Papiergeld ausgezahlt. Publikationen anderer Hochschulen, auch von den Professoren geschenkte Bücher oder ganze Bücher-sammlungen ergänzten den Bücherfonds der Akademiebibliothek. Zur Herausgabe der Professorenwerke wurde ein Fonds von 5000 Silberrubel gestiftet. Die Akademie besass eine von der Wilniusser Universität geerbte Lithographie in der die Werke der Mitarbeiter der Akademie gedruckt wurden. Den Absolventen der Akademie, die auf Staatskosten studierten und ihre Studien beendet hatten, erhielten jeder kostenfrei eine kleine Büchersammlung von wertvollen Fachbüchern im Werte von 25–30 Silberrubel.
Im Jahre 1840 wurde beschlossen, die medizinische Abteilung der Wilniusser Akademie in eine medizinische Fakultät der Universität von Kiew zu reorganisieren, die veterinärmedizinische Abteilung der Universität von Tartu /Dorpat/ zu übergeben und die Pharmakologische Abteilung zu schliessen. Dabei wurden 735 Bände veterinärmedizinischen Inhalts, 456 Bände nichtmedizinischen Inhalts und eine Menge anderer Bücher der Universität von Tartu übergeben. 8051 Bände medizinischen Inhalts und andere Bücher der Universität von Kiew, eine Menge anderer Bücher wurden der Universität von Kasan übergeben. Die übriggebliebenen Bücher mit sämtlichen Inventar der Bibliothek erhielt das zweite Gymnasium von Wilnius.
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