1992 m. vasario 17 d. Vilniaus universitete A. Jokubaitis apgynė filosofijos daktaro disertaciją „Filosofijos mokslas Vilniaus S. Batoro universitete 1919–1939 metais“. Mokslinis vadovas – prof. R. Plečkaitis, oficialieji oponentai: prof. A. Šliogeris ir doc. J. Balčius. Disertacijoje siekta ištirti pagrindines Vilniaus S. Batoro universiteto filosofinio gyvenimo formas, žymiausių filosofų kūrybą, pažymint savarankiško Vilniaus filosofinio gyvenimo formavimosi bei funkcionavimo tendencijas, derinant istorinį ir filosofinį tyrimo aspektus. Apžvelgiamas tarpukario Lenkijos filosofijos kontekstas, išskiriant tuomet vyravusią analitinės filosofijos Lvovo-Varšuvos mokyklą.
